Sala A
"MARINA MILITARE"
La sala è allestita con: uno scafandro rigido articolato "Galeazzi", manichini con mute da incursore, stampe d'epoca e foto che illustrano la nascita e l'evoluzione dei siluri a lenta corsa, comunemente chiamati "maiali", usati dagli incursori italiani nell'ultima guerra, oltre ad un'ampia testimonianza dell'evoluzione degli scafandri rigidi articolati nel mondo.
Sala B
"CRISTO DEGLI ABISSI"
La sala è allestita con stampe del 1700 e 1800 che ripercorrono l'avventura subacquea dell'uomo. Sono inoltre esposti:
Un'ampia testimonianza di custodie stagne, per macchine fotografiche, alcune costruite artigianalmente (anni '50) ed altre tra le prime di tipo industriale;
Una delle prime camere di decompressione: un monoposto "Galeazzi" (affidata al museo dall'Università di Ferrara);
Questa sala prende il nome dal "pezzo forte" del museo e cioè la statua originale in gesso del "Cristo degli Abissi" dello scultore Prof. Guido Galletti, il cui bronzo giace nei fondali di S.Fruttuoso a simbolo della subacquea mondiale. Completa la sala un'ampia cronistoria della statua stessa nata da un'idea di Duilio Marcante (1963), realizzata da Giudo Galletti (1964), ritrovata da Faustolo Rambelli e Vittorio Giuliani Ricci (1993) e restaurata da Mauro Bartolotti (1998).
Sala C
"LAVORO SUBACQUEO"
La sala è allestita con due diorama a grandezza naturale uno sull'attività del palombaro, con attrezzature d'epoca, ed uno su quella del moderno sommozzatore commerciale con attrezzature attuali.
Sono altresì esposti:
una copia funzionale della prima custodia subacquea di Louis Boutan del 1895 realizzata da Danilo Cedrone, Giancarlo Bartoli, Federico De Strobel;
custodie stagne per cineprese donate da Folco Quilici, Alessandro Olschki, Guido Mentasti, Raimondo Bucher ed altri ;
attrezzature del lavoro subacqueo e vari erogatori.
Sala D
"MOSTRE TEMATICHE"
La sala è riservata a "mostre tematiche temporanee" che sono periodicamente rinnovate.
Ad oggi questa sala ha ospitato:
 Estate 1999: una mostra sulle
"Intuizioni subacquee di Leonardo Da Vinci",
con reperti provenienti dal Museo della Scienza e della Tecnica "Leonardo Da Vinci" Milano;
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Ottobre 1999- ottobre 2000; una mostra sul
"Relitto della piattaforma Paguro",
Zona protetta di interesse biologico", in collaborazione con l'Associazione Paguro di Marina di Ravenna (RA);
- Maggio- settembre 2000; una mostra sugli
"Scavi archeologici subacquei dei tre pozzi della Villa Romana di Russi", con la collaborabione della Soprintendenza Archeologica dell'Emilia Romagna;
Novembre 2000- maggio 2001:
è stata riallestita la mostra sul
"Relitto della piattaforma Paguro";
Giugno 2001- luglio 2002:
"La subacquea di carta"
La mostra ripercorre la storia degli eroi dei comix, che nelle loro avventure hanno usato attrezzature subacquee, realistiche o fantasiose, dal loro apparire ad oggi (presso il book shop del museo è disponibile il catalogo).
Agosto 2002- Aprile 2003
"Mostra storica della speologia triestina"
Mostra concepita e curata dalla Federazione Speleologica Triestina, per divulgare il lavoro di persone che, da veri pionieri, hanno svolto un’intensa attività d’esplorazione e di studio nel campo della speleologia subacquea, nel periodo che va dai primissimi anni ’50, fino circa al 1970 e dare così loro un giusto riconoscimento.
Maggio 2003
"Vecchie attrezzature subacquee"
Sono esposte diverse attrezzature dei primi tempi della subacquea amatoriale di cui alcune sono state pietre miliari del loro settore.
